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QiShunwang

“诚信为本、客户至上”

conda换源及创建环境等相关命令

2021/4/26 14:25:11   来源:

取消每次启动自动激活conda的基础环境:

conda config --set auto_activate_base false
#重新自启动:
#conda config --set auto_activate_base true 

进入和退出conda基础环境:

conda activate base  #好像不加base
conda deactivate 

换源相关

显示安装的频道:

conda config --set show_channel_urls yes 

查看已经添加的channels:

conda config --get channels
vim ~/.condarc

添加源:

#清华
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
#北外
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
#(最后添加的channel会拥有最高优先级)

搜索安装包:

conda search gatk

查看该软件安装的位置:

which gatk

安装特定的版本:

conda install gatk=3.7 #这时conda会先卸载已安装版本,然后重新安装指定版本

查看已安装软件:

conda list

更新指定软件:

conda update gatk

卸载指定软件:

conda remove gatk

查看当前存在的环境:

conda env list

创建新的环境:

conda create -n python2 python=2
# -n或--name: 设置新的环境的名字
# python=2 指定新环境的python的版本,非必须参数. 若未指定,默认为当前环境的python版本
# 这里也可以用一个-y参数,可以直接跳过安装的确认过程。

激活和退出环境:

conda activate myenv
conda deactivate

删除环境:

conda remove -n myenv --all

删除环境中的某个包:

conda remove -n yourEnv package_name